Indre Missions primære arbejde foregår i de ca. 300 lokale IM-fællesskaber spredt over hele landet.
Arbejdet er organiseret i 5 regioner, som omfatter de lokale IM-fællesskaber og et team af ansatte medarbejdere under ledelse af en regionsleder og generalsekretæren.
De landsdækkende funktioner er samlet på Indre Missions Hus i Fredericia under ledelse af landsteamet og vicegeneralsekretæren.
Hovedbestyrelsen (HB) er Indre Missions øverste myndighed. HB vælges ved selvsupplering og skal som minimum bestå af 7 medlemmer, hvoraf flertallet skal være præster i Den danske Folkekirke. Formanden skal være en præst.