På sekretariatet løses mange af de praktiske kontoropgaver i forbindelse med Indre Missions medarbejdere, arbejdsgrene og landsarrangementer.

Sekretariatet består af fire afdelinger: Søndagsskolerne, Indre Missions Ungdom, IM-musik og Indre Missions øvrige landsarbejde. Sekretariatets medarbejdere arbejder med hjemmesider, udgivelse af materialer, tilrettelæggelse af konferencer og kurser samt inspiration til mission i det lokale arbejde.