I den daglig ledelse sidder Indre Missions generalsekretær, vicegeneralsekretær, økonomichef, virksomhedschef og kommunikationschef.

Daglig ledelse er tilknyttet hovedbestyrelsen og deltager i udvalgte møder. De varetager den daglige drift og har ansvar for at omsætte de overordnede beslutninger fra hovedbestyrelsen til praksis.