Hovedbestyrelsen er Indre Missions øverste ledelse og varetager de overordnede linjer for Indre Missions arbejde. 

Bestyrelsen består af mellem 7 og 13 medlemmer hvor af mindst halvdelen skal være præster i folkekirken herunder formanden. Bestyrelsen er selvsupplerende. Medlemmerne sidder for fem år af gangen og kan to gange vælges til en ny periode. Der er møde fem gange om året (se hvor og hvornår i kalenderen).

En gang om året udvides bestyrelsesmødet med et åbent møde, hvor alle interesserede inviteres med og kan bidrage til dagsordenen. Derudover mødes bestyrelsen med Indre Missions bagland til drøftelse af årsberetningerne på årsmødet.